0卷：東京都立咒術高等專門學校
時間設定在正篇兩年前，主角是乙骨憂太。
他被自己從小訂婚的少女——祈本里香所“詛咒”，對方因車禍死亡後化為“特級過咒怨靈”，以極端暴力手段“保護”他。
乙骨因此被咒術界判處祕密死刑，卻被“最強咒術師”五條悟救下，轉入“東京都立咒術高專”學習控制咒力、學會主動保護別人。
同期同學包括：擅長咒具戰鬥的禪院真希、說話會變成咒術的狗卷棘、自走型咒骸熊貓等人。
一邊是乙骨學習咒術、逐漸建立自信，另一邊是叛逃的特級咒術師夏油傑籌備恐怖襲擊“百鬼夜行”：
計劃在聖誕節於新宿、京都釋放上千只咒靈屠殺普通人；
同時趁機襲擊咒術高專，搶走“咒靈女王”祈本里香。
最終，乙骨為守護同伴，完全釋放裡香的力量，與夏油決戰。
勝負已分之際，他才意識到：其實不是裡香詛咒了他，而是自己在否認她的死亡、出於“最愛的執念”將她變成了怨靈。
在乙骨主動解除詛咒後，裡香以人類的模樣笑著向他告別併成佛。
夏油在逃走途中，被昔日摯友五條悟親手終結肉體生命。
但這具遺體，之後被更深層的黑幕——羂索盜走，變成日後“偽夏油”的殼。
正篇開端：虎杖悠仁的覺醒
咒術高專入學
虎杖悠仁，宮城縣仙台市的一名體育怪物高中生，不知道自己父母是誰，從小由爺爺虎杖倭助撫養長大。
爺爺去世那晚，他遵從遺言“幫助他人、讓別人有個‘正確的死’”，在學校深夜出現的咒靈事件中，為救朋友，一口吞下封印多年的特級咒物——“兩面宿儺的一根手指”。
結果，傳說中的“咒靈之王”兩面宿儺在他體內復活，虎杖卻意外靠意志壓制了宿儺的意識，成為千年難遇的“宿儺之器”。
咒術界本想立即處決他，卻被五條悟擋下，提出“讓虎杖把所有二十根手指都吃完，再一併處死”，好一次性解決宿儺問題。
就這樣，虎杖以“死刑延期”為代價，以咒術高專一年級生身份開始訓練，與同期生：
陰鬱卻正直的“式神使”伏黑惠，
來自“非常討厭家鄉”的火爆鄉下女孩釘崎野薔薇，
組成戰力怪小隊。
初期任務與成長：咒胎戴天、幼魚與逆罰
虎杖入學不久，就與伏黑、釘崎組隊執行少年院特級咒靈任務。
為讓同伴逃生，他主動把身體交給宿儺，結果宿儺殺了咒靈後拒絕還權，順便把自己心臟掏掉，讓虎杖當場死亡。
虎杖在“內心世界”與宿儺達成“契約”（虎杖本人事後被強制遺忘）：
當宿儺說出“契闔”一詞時，虎杖必須無條件讓出肉體1分鐘；
宿儺承諾在這一分鐘內不殺人不傷人。
於是虎杖復活，開始由五條單獨特訓，同時對“正確的死”有了更沉重的理解。
之後，虎杖與一流咒術師七海建人搭檔，調查川崎市的離奇變死案，遇到以人類恐懼為食的特級咒靈真人。
真人可以直接捏動人的“靈魂形狀”，將人類扭曲改造成“改造人”。
被校園霸凌逼到絕境的高中生吉野順平，被真人洗腦利用，差點釀成校園大屠殺。
虎杖用真心讓順平重新想要活下去，卻眼睜睜看著他被真人隨手玩死，這件事給虎杖留下極重心理陰影，也徹底結下他與真人的不共戴天之仇。
京都姐妹校交流會與起首雷同
每年東京校與京都校會舉辦“姐妹校交流會”，形式是不限手段的大亂鬥。
京都校一方在保守派高層授意下，打算趁比試“暗殺”虎杖，結果被一人戰力極度離譜的東堂葵強行打斷。
東堂先把虎杖打得懷疑人生，又因為對方“喜歡臀大腿粗的女性”這一答案，瞬間視他為“摯友”，現場手把手教虎杖如何正確運用咒力，逼他完成“黑閃”這一境界。
兩人後半場聯手對戰入侵交流會的特級咒靈花御，戰鬥張力十足。
交流會後，虎杖、伏黑、釘崎調查埼玉“八十八橋”連續死者事件。
這裡牽扯出伏黑的義姐伏黑津美紀數年前被詛咒的真相，以及特級咒物“咒胎九相圖”的三兄弟：脹相、壞相、血塗。
虎杖與釘崎打敗壞相與血塗，反而因此被脹相死記在“仇人清單”上。
五條與夏油的過去：懷玉·玉折
這段回憶篇發生在2006-2007年，講述五條悟和夏油傑還在高專讀書、並肩作戰的時期。
懷玉篇
當時“不死術式”的核心存在天元即將與“星漿體”同化以維持穩定，那位星漿體就是中學生天內理子。
五條與夏油接到任務：保護理子，直到她順利與天元同化。
一路上他們擊退不少襲擊者，包括呪詛師集體“Q”和信奉天元卻反對同化的宗教團體“盤星教”。
就在他們抵達天元所在的“薨星宮”門口時，傳奇殺手、無咒力體質卻靠“天與咒縛”身體素質碾壓一切的伏黑甚爾突襲成功：
先以絕對優勢擊倒五條悟，
再在夏油麵前一槍爆頭理子。
失去“星漿體”的同化，天元被迫“進化”為更高等的存在，但憑結界術艱難維持理性。
甚爾完成任務拿到鉅額報酬後，卻被用反轉術式“復活”的五條以壓倒性姿態擊殺。
臨死前，他提到自己把兒子“伏黑惠”賣給禪院家，並說“五條會來處理的”。
玉折篇
理子的死和盤星教信徒為她的死鼓掌慶祝的畫面，深深動搖了夏油“守護非術師”的信念。
之後，他見證同伴戰死、被非術師虐待的咒術孤女枷場美美子、枷場菜菜子的悲慘境遇，最終徹底崩壞：
殺光虐待這對姐妹的村民；
殺死自己的父母；
被咒術界定性為“史上最惡的咒詛師”，通緝處決。
夏油劫持並接管了盤星教，把信徒當“資源”收集錢和咒靈。
他向五條坦白：要“殺光非術師，建立只屬於咒術師的世界”，兩位舊友就此分道揚鑣。
宵祭與渋谷事變：五條悟被封印
內通者與宵祭
在姐妹校交流會事件後，高專內部排查發現：京都校二年級生、操控機械人偶的與幸吉（究極·機械丸）是黑幕一方的“內線”。
他以“真人用術式修復自己嚴重殘疾的身體”為交換條件，向羂索提供高專情報。
然而在看到真人一夥違反“不得傷害京都校學生”的約定後，與幸吉反悔，在自己的巨大裝甲傀儡“究極機械丸·絕對形態”裡，與真人與偽夏油決戰，最終戰死。
但他事先留下的自動傀儡，成為後來揭示“五條被封印”和“羂索真面目”的關鍵。
渋谷事變：人外魔境的開端
2018年10月31日晚，東京渋谷車站周邊被巨大結界“帳”覆蓋，數萬普通人被困內部。
高層被迫允許五條悟單人進場平亂，其他一級術師與學生則各自分組支援。
在車站地下，五條一人對陣漏瑚、花御、脹相等特級咒靈，並要確保身邊人質不死，戰鬥極其緊繃。
最終，他以領域展延等高等技巧處於絕對優勢，卻因為立場與情感在“夏油的軀體”出現時產生瞬間破綻，被羂索使用特級咒物“獄門疆”封印。
五條被封后，日本咒術界瞬間群龍無首。
羂索一方隨即開始下一階段計劃：
向東京釋放海量咒靈，
借真人之術改造數千普通人，
與各種咒詛師聯手大肆屠殺。
在這場持續數卷的“渋谷事變”中：
七海建人被真人重傷，後又被當面“無為轉變”殺死；
野薔薇與真人分身交戰時，被本體偷襲致半張臉爆碎，瀕死；
禪院家當主禪院直毘人、一級咒術師們多人戰死；
東堂葵為救虎杖，與真人苦戰，付出一隻手與術式的代價；
真人最終被虎杖、東堂聯手擊敗，卻被羂索“吃掉”，成為他術式“渦卷”的素材。
渋谷事件以慘烈收場：
東京大部分地區成為咒靈橫行的廢墟，人類損失巨大。
五條被封、夏油之軀被羂索佔據的事實也全面暴露。
渋谷之後：死刑重啟與大規模博弈
渋谷事變後，高層把所有責任推給高專方：
夜蛾學長被誣為“煽動渋谷事件”的主謀，遭處決；
五條悟被認定為“永久封印物件”，禁止解封；
虎杖悠仁的“死刑猶豫”被取消，由特級咒術師乙骨憂太擔任處刑人。
乙骨回國後很快找到虎杖，一刀刺穿其心臟，又立刻用反轉術式將他救活——表面完成死刑，暗中與五條一系站在同一陣營。
此時，新敵人羂索正式以真面目登場：
他是一位從千年前就不斷“換身體”的古代術師；
曾用“加茂憲倫”之身製造“咒胎九相圖”；
現在則佔據夏油的肉體，繼承其“咒靈操術”。
羂索的巨集大企圖，是借咒靈與人類同化，讓全日本非術師強制“進化”為新形態人類，再從中誕生“一億人份咒力”的怪物。
為此，他啟動了名為“死滅迴游”的大型儀式。